一、学分管理与弹性学习年限
学分制(Credit Unit System)是一种以学分为计算学生学习量的单位，并以修满规定的下限学分为学生获得毕业资格的基本条件的课程管理制度。河南佛教学院以学分制进行教学管理与评估，并在此基础上试行弹性学习年限。学生如果达到毕业要求，允许提前毕业。本科生在校学习最长年限为所在专业学制加一年，超过最长年限者不予注册。
本院课程分为基础教育课程、佛学基础和专业课程、艺术类课程、体育类课程、修行实践課程，以及丰富的各类讲座。所有课程分为必修、限选、自由选修三类。其中基础文化教育必修学分约为60学分，佛学必修课程约为60学分。在最长时限内本科培养方案的最低总学分为180学分，这是学生取得毕业资格的必要条件。
学生按学校教学计划规定选课并参加所选课程和实践等教学环节的学习和考核，达到课程要求并通过考核即获得学分。学生因课程学习不合格导致一学期（暑期小学期及大一秋季学期除外）考核不合格课程学分达6学分（含6学分）者，转入试读，暂保留学籍一年。
实行学分制，可以给学生提供给更多、更丰富的课程，让学生选择根据个人兴趣、自身条件、发展需要，按照学院课程设置制定个人的课程学习计划进行选课，选择学习进程、选择学习方法等。这样，既帮助学习困难的学生解决精力不足的问题，也为学有余力的学生加速、加广、加深学习提供了机会。
二、个性化教学
为充分照顾不同学力的学生的学习要求，体现个性化教学，本院对有相当自学能力的学生，部分课程允许自修；对曾经修习过的课程，由学生提出书面申请，经教务处批准，通过本院该课程的各项考核标准后，准予免修并取得该课程学分。
本院实行学分制下的自由选课。除必修的基础文化课外，在佛学专业学习上，学院将派老师对学生作一对一的指导，安排学习计划。学生在老师指导下，可自由灵活安排必修课程的修学时间。学院每学期开始将尽可能提供更多的必修与选修课程供学生选择，有5人以上选课即开设该门课程，特殊专业课程有2人选课即开。
小班授课、自由研讨的良好氛围，使课堂气氛活跃、趣味性高，有利于因材施教，调动学生学习积极性；同时又教学相长，师生相资，既能体现如传统丛林师徒授受的道义之交，又能培养学生自由独立思考的习惯，养成学生为法为学的真实意乐。
三、研究性和开拓性的学习形式
本院课程鼓励教师设置研究性学习项目。学生不仅仅是被动听课，同时也进行参与式研究性学习。包括针对课程某一主题的研究和读书报告，某部典籍的点校整理，对某些重要焦点法义问题和实修要素的深入探讨等等。本院开设有专门的研讨课和专题读书会。2011学年，学生在印度佛教思想史的部派佛学方面，在教师指导下进行了研究性的深入探讨学习。
本院在学习上时刻保持开放的态度，融摄三大语系，不为一宗一派所拘。形成百花齐放的学习氛围，在师生间各有所长，相互交流。重视刚健笃实的学风，不尚空论，注重有根据的研究。
另外，本院注重提高学生的综合素质和文化素养，日常课程中开设书法、佛教美术等学科，增加学生的美育素质。还将邀请教内外、海内外各界有识之士来校开设各类学科的讲座，既能够促进学生佛学专业学习的深入，也能拓宽学生的广阔视野。
四、灵活的教学与评估方式
本院在教学方式上鼓励创新，以多形式多角度切入严肃佛法修学。除传统多媒体教学外，积极开展课堂互动、小组演讲、辩论赛、专题读书会、实修指导、兴趣小组等各种形式的学修活动。针对广被诟病的佛学院学生只学不修的弊端，本院很多课程设计有实践环节教学，如《阿含》课后的禅修指导，《金刚经》课后的礼拜加行等。学期末的举行佛法讲经辩论赛，给学生展示和锻炼的舞台，分享自己的修学经验，也为日后弘法利生积累经验。
在学业评估方式上，以落实实际教学效果为宗旨，告别传统学业评估的窠臼，给予教师和学生充分的自由度。针对学生的不同的学习兴趣和学习方法，以多种形式开展评估，除了传统的笔试之外，还可以让学生提交阅读报告或者提交相关论文，也可以通过师生间谈话交流的形式进行口试。使得学生不再面对枯燥的考试制度，而代之以自发学习的原动力，同时消解师生间由于僵化的考试制度而带来的距离感。
五、戒律生活与禅修实践
本院秉承学院丛林化的方针，以戒为师，以形成一个戒律谨严的清净僧团。将戒律的行持贯彻到学生的生活学习中，如法如律地开展学院活动，加强学生的僧格、僧德教育。并且，避免做形式主义的表面文章，如半月布萨、结夏自恣等僧团活动，都能切实地将戒律学习、发露忏悔等内容落实下去。尊重学生在僧团内应有的权利和地位，提高学生参与僧团活动的积极性。
除此之外，还会把禅修实践融入学院教学当中，将学修结合的理念落到实处，营造良好的修行氛围。学院日常每周安排至少三次的集体禅修，将此纳入学业评估系统。由学院禅师带领，按步骤地教授禅修方法，跟进禅修指导。另外，每年定期举办为期半月至一月的密集禅修活动，集中进行禅修实践。还将邀请海内外不同传承的禅师来院指导，形成积极地交流，促进修行。